隨著社會主義市場經濟的發(fā)展和農業(yè)綜合開發(fā)工作的進一步深入以及各級政府職能的轉變，廣大農民自主調整種植業(yè)結構的決策權越來越大，更有利于調動農民的積極性。但是，由于我國農業(yè)長期受計劃經濟的影響以及農民對科技、信息、市場等方面知識的嚴重缺乏，不少農民在農業(yè)綜合開發(fā)和農業(yè)結構調整中顯得比較盲目，甚至束手無策，從而影響了農業(yè)綜合開發(fā)的實際效果與綜合效益，出現(xiàn)了一些新特點、新難題、新問題，面臨著新的挑戰(zhàn)。

　　1、農產品整體質量不高

　　隨著加入WTO，當前我國農業(yè)發(fā)展已步入了一個重要的轉型期，傳統(tǒng)的自給農業(yè)已不能適應現(xiàn)代商品農業(yè)發(fā)展的要求。具體表現(xiàn)在農產品品種單一，農產品生產存在重數(shù)量，輕質量，衛(wèi)生品質差，忽視食品安全等問題，不能適應國內外市場的消費需求，導致農產品缺乏競爭力，部分農產品滯銷，價格徘徊，農民增收困難。為此，農業(yè)綜合開發(fā)如何處理數(shù)量與質量的關系，滿足市場的多樣化需要和消費者的個性化、差異性需求，引導農民開發(fā)無公害綠色農產品，適度調整農產品品種數(shù)量結構與增長速度，促進農產品整體質量的提高已迫在眉捷。

　　2、資源優(yōu)勢與市場需求銜接不緊

　　隨著我國農業(yè)的進一步發(fā)展，農業(yè)生產已從過去掠奪式的資源開發(fā)利用轉向資源利用與生態(tài)環(huán)境保護相結合，必須走可持續(xù)發(fā)展的道路。農產品生產已由資源約束轉向受資源、市場、環(huán)境等多重因素約束。在農業(yè)綜合開發(fā)中如何處理好資源優(yōu)勢與市場需求的關系，以市場為導向，進一步強化優(yōu)勢資源的深層次開發(fā)，注重生態(tài)環(huán)境的保護，在市場競爭中把握產品定位，開拓新的市場空間，以市場需求拉動資源優(yōu)勢向經濟優(yōu)勢的迅速轉化，應引起高度關注。

　　3、農業(yè)結構失衡，種植業(yè)比重過大

　　我省農業(yè)結構中種植業(yè)比重偏大，林牧漁業(yè)比重偏小，農產品中名優(yōu)特新產品少，缺乏市場競爭力。而畜牧業(yè)結構中，食糧型畜牧業(yè)比重偏大，草食型畜禽比重偏小，畜產品結構相對單一。因此，農業(yè)綜合開發(fā)如何充分利用我省優(yōu)越的自然資源，處理好產品結構與產業(yè)結構的關系，注意立足區(qū)域，又突破常規(guī)，開拓創(chuàng)新，將我省區(qū)域經濟置于國內經濟、國際市場的大視野中，全方位優(yōu)化和調整農業(yè)與農村經濟結構，發(fā)展優(yōu)勢農產品產業(yè)，把產品結構調整的重點放在優(yōu)質高效與多樣化的市場需求中，促進種植業(yè)與養(yǎng)殖業(yè)內部結構的優(yōu)化和轉換升級，建立適應市場需求的合理的農業(yè)結構刻不容緩。

　　4、農業(yè)產業(yè)化水平低

　　我省從事第一產業(yè)的農村勞動力占鄉(xiāng)村實有勞動力的比例在70%以上，而從事第二、三產業(yè)的不到30%。由于二、三產業(yè)發(fā)展較慢，農業(yè)產業(yè)化水平較低，嚴重制約了農村勞動力向非農產業(yè)轉移的速度。我省自實施農業(yè)綜合開發(fā)項目以來，為加速農業(yè)產業(yè)化進程，實施龍頭帶動名品名牌和科技興農戰(zhàn)略，扶持了一批“龍頭企業(yè)”，實現(xiàn)了生產、加工、銷售各環(huán)節(jié)的有機結合，推進了農業(yè)向商品化、專業(yè)化、現(xiàn)代化的轉變。然而從整體來看，我省農業(yè)產業(yè)化水平還很低，產業(yè)鏈條很不完整，“龍頭”的輻射帶動作用還很小，不利于優(yōu)質農產品上規(guī)模、上檔次、出效益，不利于發(fā)展創(chuàng)匯農業(yè)、拓展國外市場、加速國內農業(yè)結構的調整。因此，農業(yè)綜合開發(fā)要和二、三產業(yè)及城鎮(zhèn)的發(fā)展聯(lián)系在一起，發(fā)展“產加銷”一體化的產業(yè)化體系，并借此帶動城鎮(zhèn)化建設。

　　5、項目和資金管理機制有待健全

　　在深化農村經濟體制改革過程中，減輕農民負擔一直受到各級政府的關注，國家已決定在農村實行費稅改革。這項以減輕農民負擔為核心內容的改革，對涉及到需要農民集資、投勞的事項有嚴格的規(guī)定，這些規(guī)定與現(xiàn)行農業(yè)綜合開發(fā)“國家引導、配套投入、民辦公助、滾動開發(fā)”的投入機制存在一定的矛盾。如何完善實行農村費稅改革后的農業(yè)綜合開發(fā)投入機制，已是不容忽視的問題。除此之外，在農業(yè)綜合開發(fā)中，項目管理和資金管理方面也存在問題，一些政策規(guī)定已不適應農業(yè)和農村經濟發(fā)展的需要，隨著農業(yè)綜合開發(fā)向縱深推進，將不利于農業(yè)綜合開發(fā)工作的順利進行。