農業產業結構調整的制度經濟學解釋制度經濟學理論認為，產業是分工的產物，分工必須以交換的擴張為基礎，而交換的前提是交換過程和結果的可預見性，隨著交換的擴張，交換的不可預見性隨之增長，交換活動用于增加預見性的成本——交易成本隨之加大，直至抵消分工的專業效率與規模收益，使交換和分工不再擴張，產業規模被最終決定。

　　因此，分工和交換的專業化效率和規模收益是產業發展的原動力，交易成本則是產業發展的根本性限制，而降低不確定性、限制機會主義、增進信任關系、協調分工與交換、降低交易成本的制度則是產業發展和擴張的基礎，產業的發展取決于分工和交換的專業化效率和規模收益與交易成本之間的凈值，產業規模被決定在凈值為零的臨界點上，制度是決定這個臨界點的關鍵，是產業發展和擴張的一個重要的、關鍵性的內生變量。

　　從另外一個角度看，產品的替代性程度決定了產業的層次性，同一層次產業間的相互關系構成了產業結構。由于生產的目的總是為了消費，產業結構必須和消費結構相適應，保持這種適應關系并使產業得以發展和擴張的過程就是產業結構調整。而這必然要以生產要素的流動性為保證，生產要素流動性決定于其交易成本，二者在反比。傳統的經濟學理論在假設在生產要素自由流動的前提下，研究生產要素配置，是一種無交易成本的資源配置，制度自然成為經濟發展的外生變量。但現實的情況是，生產要素并不能無成本地自由流動，諸如產權不清晰、既得利益保護、不能平等與自由地交換等因素，限制了生產要素的流動性，增加了交易成本。因此，調整產業結構，必須從制度上為提高生產要素流動性提供保證，或者說，必須根除限制生產要素流動性的制度因素。

　　制度經濟學理論認為，產業結構調整中的政府是一個降低交易成本的組織。但由于政府間競爭的存在，政府承擔了“趕超”的責任，為此，政府不得不通過產業政策，促進部分產業的優先發展和擴張，這又使產業結構調整增加了新的內涵，即產業結構調整中政府不僅要降低交易成本，而且還要在此基礎上制定產業政策，鼓勵一部分產業優先發展。政府的行為是“公共選擇”的結果，政府的行為有時還會受到政府公務員“私人行為”的侵蝕而扭曲。因此，政府的行為必須規范。

　　就農業產業結構調整而言，其實質就是保持農業產業結構和農產品消費結構相適應，并使農業得以發展和擴張的過程。這里的“農業發展和擴張”是通過農業內部不同產業發展和擴張規模的配比來實現的。“配比”就是結構;“規模”取決于交易成本，當達到“最佳配比”，即資源被充分利用，農業效率最優、效益最大時，農業產業結構就實現了最優化。因此，農業產業結構調整實際上是一個由交易成本決定“規模配比”的產業優化過程。在制度經濟學的意義上，制度決定了農業產業結構，最優的結構來自最優的制度，調整就是制度創新。

　　從理論上講，市場經濟條件下，農業產業結構調整應在市場引導下自發進行，是一個遵循市場“自然秩序”的過程。但由于當前我國農業產業結構調整是在“經濟轉型”背景下進行的缺少市場制度支持的產業“趕超”過程。長期的計劃經濟和城市、工業傾斜戰略造成的經濟、社會“二元結構”和條塊分割的農業管理體制與“以糧為綱”理念下的農業產業政策，以及政府過高經濟職能造成的對經濟增長的“過度追求”，導致了我國農業是弱質的基礎產業，農民是弱勢的市場主體，農業和農民缺乏應有的市場競爭能力，農業產業結構調整主體“殘缺”，使農業產業結構調整落入“鎖定”狀態的陷阱。這正是農業產業政策屢不奏效，農業產業結構表現出強烈剛性的原因。

　　“路徑依賴”理論證明，解除鎖定狀態，走出陷阱關鍵在于起點和路徑選擇正確的制度創新。就我國當前實際而言，就是市場制度的建立與完善。因為，如果沒有對農業生產者基本交換權利和尊重與保護，不賦予其明確的產權、平等的交換地位和自由選擇、自愿交換與合作的權利和能力，農業生產者就不可能在產業政策的引導下，面對市場做出正確的決策，農業產業結構調整也就無從進行。因此，包括界定和保護產權、賦予平等交換地位和經濟自由以及變革相關體制等在內的市場制度供給就納入到了農業產業結構調整的內涵之中。

　　據此，當前我國農業產業結構調整的制度涵義可表述為：政府以不斷降低交易成本為目標，在保證市場制度供給，建立起農業產業結構能動態地適應市場需求的體制和機制基礎上，制定并實施積極有效的農業產業政策，引導農業生產者自覺按市場需求組織生產，實現農業內部產業發展和擴張規模配比優化，使農業產業結構不斷地朝著有利于經濟可持續發展方向演化的產業優化與升級過程。其實質是通過市場取向的改革，實現農業按市場導向配置資源的農業市場化的動態過程，關鍵是市場制度創新，核心在于促成政府職能到位。