棉種是豐產的基礎，但并不是所有的棉籽都可以用來作種子。以下幾類棉籽不宜用來做種

一、機械損傷過重的棉籽。在加工過程中機械損傷超過2％以上的棉籽不宜做種。

二、枯、黃萎病嚴重地塊的棉籽不宜做種。因為病菌可以隨棉籽傳播。

三、晚秋桃和剝桃棉籽不宜做種。因為發育不良，成熟度差，做種用發芽率低。

四、噴施乙烯利的催熟棉籽不宜做種。

五、品種特征已經退化的棉籽不宜做種。以免導致棉花大幅度減產和品質下降。

六、儲存時間過長尤其與農藥化肥在一起長期存放的棉籽不宜做種。以免造成發芽率低、棉苗弱的現象。

七、在水泥地面過度晾曬的棉籽不宜做種。在水泥地面過度晾曬易造成生理機能失調，喪失發芽率。